המכון לחקר הרפואה עפ''י התורה, שנפתח בשנת 1966 נקרא ע''ש ד''ר פלק שלזינגר, המנכ''ל השני של בית החולים שערי צדק, אשר גילם את שאיפות המייסדים והגשימם הלכה למעשה. אמון על הנחיות מקימיו, מברר המכון בעיות רפואיות ע''פ אמות המידה של ההלכה. מכון שלזינגר מחפש פתרונות מעשיים לשאלות מוסריות והלכתיות, הן באופן כללי והן בעניינים ספציפיים. צוות המכון מורכב מרופאים בכירים וחוקרים יחד עם תלמידי חכמים. כמו כן מתקיימת התייעצות עם גדולי הפוסקים בעניינים רבים. שילוב זה מאפשר למכון לתפקד באופן מקצועי ויעיל. המכון רואה את ייעודו בהחדרת ערכי תורה למערכות הרפואיות המדעיות.