מרכז נגה פועל למען נפגעי עבירות אלימות חמורות (כגון משפחות נפגעי רצח והריגה) ונפגעי עבירות מין חמורות (כגון מקרי אונס) ומייצג אותם לכל אורך ההליכים המשפטיים בעניינם, הן בתחום הפלילי והן בתחום האזרחי. המרכז מטפל ללא תמורה במאות נפגעי עבירות אלימות ומין חמורות. המרכז מייצג את נפגע העבירה כל זמן שנזקק לכך ומציע פתרון כולל לבעיותיו. לדוגמא, בעניינה של מתלוננת אשר נאנסה, יוסברו לה זכויותיה במהלך ההליך הפלילי, ובמידת הצורך, תיוצג בידי המרכז בבית המשפט. כך למשל, בהתנגדות לחשיפת חומרים רפואיים, חשיפה העלולה לפגוע מהותית בפרטיות הנפגעת. נפגעי העבירה אף זוכים לסיוע בכתיבת הצהרת נפגע (שהיא, לעיתים קרובות, הדרך היחידה בה יכול בית המשפט ללמוד על מצב הנפגע). משנידון הנאשם למאסר, מייצג המרכז את עמדת הנפגע מול שירות בתי הסוהר, לעניין חופשות, שחרור מוקדם או קציבת העונש (אסירי עולם), זאת, על מנת להניח בפני וועדות שב"ס השונות, את מלוא המידע הרלוונטי מקום בו הוא שוקל לשחרר/להקל בעונשו של האסיר, זאת, בכדי להבטיח שיקול דעת מושכל של הרשויות בעניין הנדון בפניהן.