כפר נהר הירדן מיועד לילדים בני 9 עד 18 שחולים במחלות חשוכות מרפא, גנטיות או כרוניות. אורך מחזור לילדים (עד 96 ילד כל מחזור) הוא 4-7 ימים, עפ"י המחלה.
הפעילויות בכפר, שפועל כל השנה, כוללות: פארק ספורט אתגרי, רכיבה על סוסים , סדנאות אמנות ויצירה, סדנת בישול, סדנת צילום ומחשבים, סדנאות מוסיקה ותיאטרון, מתחם חץ וקשת, עפיפוניאדה, שחיה וספורט, פינת חי, ערבי בידור ומסיבות.
בין קבוצות המחלות שכפר נהר הירדן משרת ניתן למצוא את המחלות הבאות: אסטמה קשה, אפילפסיה, דיסאוטונומיה משפחתית, המופיליה, הפרעות נוירולוגיות ושריריות, מושתלי כבד וריאה, מחלות כליה, מחלות לב וכלי דם, מחלות מעי, מחלות ראומטיות, נפגעי טראומה, סוכרת נעורים, סיסטיק פיברוזיס, סרטן, שיתוק מוחין, תלסמיה, תסמונות נדירות ועוד..
כל בתי חולים המובילים במדינה ועוד ארגונים התנדבותיים שמסייעים לחולים במחלות קשות התייצבו לצד כפר נהר הירדן, מתוך הכרה בחשיבות של כפר כזה והיתרונות שטמונים בו עבור אלפי ילדים סובלים.
הניסיון אשר הצטבר בכפרי הנופש האחרים מראה כי ילדים שחולים במחלות קשות נהנים פיסית ורג