מרכז "יסודות" הוקם במאי 1996 כתגובה להירצחו של ראש הממשלה יצחק רבין, אירוע שהעלה לדיון הציבורי את עניין מחוייבותה של הקהילה הדתית לאומית לערכים דמוקרטיים.
בקרב חברים רבים בקהילה זו רווחה ועדיין רווחת התפיסה שלפיה ישנו קונפליקט מובנה בין הנחות היסוד של ההלכה היהודית והנחות היסוד של הדמוקרטיה, ובמקרה של קונפליקט בין השניים יש לציית לסמכות הדתית אפילו במחיר העקרונות הדמוקרטיים. כתוצאה מכך, מספר הולך וגדל של יהודים דתיים דוחים את ההזדהות עם ערכים דמוקרטיים ועם שלטון פוליטי דמוקרטי בשל היותם, לטענתם,עוינים את זהותם הדתית.

מקימי "יסודות", שהם עצמם שייכים לקהילה הדתית לאומית, קיבלו על עצמם כמטרה לעצב תוכניות חינוכיות עבור מערכת החינוך הדתי, כדי להגביר את מחוייבותה של הקהילה הדתית לערכים דמוקרטיים ולחברה אזרחית. מרכז "יסודות" מתייחד בכך שתוכניתו לחינוך לדמוקרטיה היא היחידה המופעלת בתוך מערכת החינוך הדתית עם צוות שבעצמו בא מאותו עולם, ולכן הערכים, המינוח, והחששות מוכרים לצוות יסודות, והצוות אינו נתפס כגורם זר במערכת. צוות "יסודות" חושף את המשתתפים למגוון נרחב של טכסטים ממקורות יהודיים ומערביים כאחד, המראים שיהדות וערכים דמוקרטיים, כגון סובלנות, שיוויון ופלורליזם, יכולים לעלות בקנה אחד.