הקרן לפיתוח בקעת הירדן נוסדה בשנת 2000. מייסדי הקרן וחברי ההנהלה הם אנשי ציבור תושבי בקעת הירדן. הקרן מוכר כמוסד ציבורי ויש לו אישור מס הכנסה לעניין תרומות לפי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה.
הקרן מלווה על ידי המועצות האזוריות בקעת הירדן ומגילות צפון ים המלח.
הנהלת הקרן מקיימת דיון בתחילת השנה כדי להחליט על אילו פרויקטים הקרן תתמוך בשנה הקרובה.