למרות שחלק מהשרותים המסופקים ע"י אקים-ירושלים ממומנים על ידי משרד הרווחה, שרותי תרבות פנאי, לימודי המשך ושרותים פרה-רפואיים מיוחדים (פיזיותרפיה, תרפיה בדיבור ואחרים) אינם מממונים במלואם ע"י המדינה. בנייה ושיפוצים של מבנים והצטיידותם גם מכוסים במקרה הטוב, חלקית על ידי הממשלה. כתוצאה מכך, נאלצת אקים-ירושלים לגייס משאבים נוספים ממקורות חיצוניות לכיסוי הוצאות אלה.
המרכז לתמיכה במשפחה של אקים-ירושלים כולל את הנופשון אליו באים ילדים מספר שעות ועד למספר ימים במטרה לתת מנוחה להורים ולבני המשפחה האחרים. למשפחות שאינן יכולות להביא את ילדיהם לנופשון, אנחנו מספקים שרות טיפול בית בהיקף של שעתיים בשבוע. שרות בית זה מאפשר מתן התייחסות יחידנית ואיכותית לבן או לבת המשפחה עם פיגור שכלי. שרות הבית ניתן על ידי מטפלים שעברו הכשרה מיוחדת והם מונחים ומלווים בעבודתם ע"י איש מקצוע בכיר, נציג העמותה.
אקים-ירושלים גם מפעילה 2 צהרונים (תכניות יום לימודים ארוך) שמתקיימים בבית ספר "בן יהודה" ועוד קבוצה אחת בנופשון. הילדים המשתתפים בצהרונים בני ובנות 10-14.עם פיגור שכלי בינוני וקשה, חלקם עם אוטיזם ובעיות התנהגות קשות. עבור רוב הורי הילידים בצהרונים, קניית שרות פרטי אינו מתאפשר מסיבות כספיות ועבורם הצהרונים מאפשרים להם להמשיך לעבוד במשרות מלאות ולהתפרנס. מטרות הצהרונים כוללות מתן שרות עשיר ומגוון שמחזק את התפתחותם השכלית, הרגשית והגופנית של הילדים. התכנית פועלת 5 ימים בשבוע בין השעות 14.00 ל-18.00 וכוללת סדנאות שונות כגון: אומנות, טיפול בחיות מחמד, משחקים, שירה ותנועה כשכל תכניות אלה מעוצבות במטרה למקדם את הילדים.
המרכז לתמיכה במשפחה מפעיל תכניות נוספות לרבות ייעוץ לתעסוקה וייעוץ למשפחות.