בחודש אלול תשל"ה, 1975, הוקמה ישיבת ההסדר מעלות יעקב.
הקמתה באה כתגובה לארוע שהתרחש שנה קודם ב- 15.5.74 בו נרצחו 22 תלמידים ומורים מצפת שהיו בטיול במעלות. על ההקמה הוחלט בין שר הבטחון שמעון פרס ושר המשפטים חיים צדוק שכיהן גם כשר הדתות.
שמה של הישיבה, "מעלות יעקב" על שמו של הרב ד"ר יעקב הרצוג ששימש כיועצו של ראש הממשלה הראשון דוד בן גוריון, כמנכ"ל משרד ראש הממשלה וכשגריר ישראל בקנדה.
הקמת הישיבה היתה תשובה לאומית לנסיונות הטרור הערבי לפגוע בכח העמידה של הצבור היהודי במדינה. הקמת ישיבה באזור קו עימות יש בה גם חשיבות למאמץ הציוני לייהוד הגליל.
ועדת השרים שטיפלה בעניין הסבירה שיהא בכך גם חיזוק לעיירה שהיתה מורכבת מעולים רבים. היה צורך במאבק עיקש על מנת שהרעיון יתקבל על דעת כל מקבלי ההחלטות במדינה. גם בקרב הנהגת הציונות הדתית התנהל ויכוח. שר הדתות ד"ר יצחק רפאל רצה שישיבת ההסדר תקום באזור חיפה, בצמוד לישיבת בני עקיבא בקרית שמואל.
עם הקמתה, שכנה הישיבה באזור שכונת כהן על שם המשפחה שנרצחה בהתקפת המחבלים. שני בתי המגורים עליהם השתלטו המחבלים משמשים כיום כמגורי תלמידי הישיבה. "מועדון ביתר" שימש כחדר האוכל, מועדון "הנוער העובדת הדתי" שימש כבית המדרש. 30 תלמידים, בוגרי ישיבות בני עקיבא היוו את גרעין הייסוד של הישיבה. כיום מונה הישיבה כ- 300 תלמידים כ"י.
תלמידי הישיבה שותפים בחיי הקהילה והעם באמצעות מגוון של מוקדי פעילות התנדבותיים רבים.
כך לדוגמא לפני כ- 8 שנים כאשר שוכנו מאות עולים מאתיופיה באתר הקראוונים חצרות יסף הסמוך לעכו, השתתפו תלמידי הישיבה באמוץ העולים. בין היתר היו מגיעים לאתר, מידי שבת, חמישה תלמידים. הם ארגנו תפילות, קריאה בתורה ובשעות אחר הצהרים דאגו לפעילות לילדים ובני הנוער במסגרת בני עקיבא.
עשרות מתלמידי הישיבה משתתפים בפרוייקט החונכות לילדים במצוקה-פר"ח. במסגרת פעילותם מגיעים התלמידים אל בתיהם של הילדים, מסייעים להם בלימודיהם ומשמשים להם אוזן קשבת, כאח בוגר. העבודה עם הילדים נעשית בתאום עם לשכת הרווחה של עירית מעלות.
תלמידי הישיבה מתנדבים באופן קבוע לסיורי לילה במסגרת המשמר האזרחי של הישוב מעלות.
בשעת חרום התלמידים גם מצטרפים לסייע לצוות הרפואי של בית החולים בנהריה. במסגרת הפעילות לקליטת עליה ערכה הישיבה גם סדרי פסח לעולים חדשים.
אחת מדרכי החינוך של הישיבה היא בהפצת רעיון התורה ואהבת הבריות. מתוך ראיית צרכי החינוך, מעודדת הישיבה את תלמידיה ללמוד במכון להכשרת מורים הפועל בישיבה. כמו כן פעל בישיבה מכון להכשרת מרצים עולים חדשים.
הישיבה מפעילה רשת שיעורי תורה ויהדות המתקיימים מדי שבוע בישובים הסמוכים למעלות, ביקורים בבתי הספר באזור כולו. שיעורי יהדות מתקיימים מידי שבוע, בישובים הסמוכים למעלות כגון מושב חוסר, עמקה, שרשים וכפר הורדים.
אחד המקומות הוא קבוץ חניתה. מעבר לשיעור ביהדות המתקיים שם, מגיעים תלמידי ישיבה גם בשבתות כדי לאפשר תפילה במניין.
הישיבה שומרת על גחלת לימוד התורה בישוב הסמוך פקיעין, מקום מחבואו של רבי שמעון בר יוחאי ומידי פעם מקיימת בבית הכנסת העתיק שבמקום שיעורים וסדר לימוד עצמי.
תלמידי הישיבה נרתמים לסייע למקומות בהם הם מתבקשים. נוסעים מדי שנה לישובים קטנים ע"מ לשמחם בשמחת התורה ובימים הנוראים משלימים מניינים במצפים שבגליל.