אלוט פועלת ב - 3 תחומים עיקריים:
1. מחקר ואבחון
2. טיפול ושיקום
3. סנגור

1. אלו"ט מפעילה מרכז אבחון ארצי על פי השיטה ההתנהגותית מהמתקדמים בעולם. במסגרת זו המרכז גם עורך מעקבים וייעוץ טיפולי לכל המאובחנים.
2. אלו"ט מפעילה 45 מסגרות טיפוליות ברחבי ישראל החל מ :
אלוטפים - 10 במספר- פעוטונים שיקומיים לבני 18-36 חודש שזה עתה אובחנו. זוהי תכנית אינטנסיבית, ייחודית בעולם ואינדיבידואלית המקדמת את הפעוטות הללו באופן שלא ניתן להשגה בשום גיל ובשום מסגרת אחרת.
תוכניות העשרה ושיקום רבות לתלמידי בית ספר, הן בשעות הלימוד והן במועדוניות אחה"צ, 10
מרכזי תעסוקה לבוגרים
ו- 18בתים לחיים. בהם חיים מעל 400 צעירים ובוגרים עם אוטיזם בתנאים מוגנים ויחד עם זאת באופן הדומה ביותר למשפחה.
בכל המסגרות הללו טובת החבר האוטיסט עומדת בראש מעיינינו.
אלו"ט גם מכשירה אנשי מקצוע בתחום ומקיימת שיתופי פעולה עם סמינר לוינסקי ואוניברסיטאות בתחום ההכשרה המקצועית.
3. אלו"ט יוזמת ומקדמת חוקים בכנסת כדי שהמדינה תבין ותטפל באופן מתאים יותר בכל הילדים האוטיסטיים בישראל על מנת להבטיח את קיומם בכבוד לאורך כל חייהם.