"זהות" קם כמענה לצורך שעלה בעקבות הפעילות בשטח, על-ידי העמותות שהפעילו בשעתו את המרכזים להעמקת הזהות היהודית. מאז, כאמור, הוקמו כ-60 מרכזים והעמותות המפעילות אותם הצטרפו גם הן כחברות ב"זהות". "זהות" בנוי, למעשה, מהאסיפה הכללית, הכוללת את כל ראשי העמותות החברות בו וממעגל מצומצם יותר של מקבלי החלטות – ההנהלה.
למרות שכל מרכז שם דגש על נושאים שונים בהתאם לקהילה בה הוא נמצא, לכל המרכזים אותה המטרה: חיזוק וביסוס הזהות היהודית בקהילות ברחבי הארץ.