עמותת "רוח חדשה" הוקמה בשנת 2003 ע"י חמישה סטודנטים, בשיתוף עם אנשי עסקים בעיר, על מנת להילחם בהגירה השלילית מירושלים ולהשאיר את ציבור הסטודנטים בעיר.
בתחילת שנות ה-2000, התעצם תהליך ההגירה השלילית של צעירים חילוניים ודתיים לאומיים, בני מעמד הביניים, המהווים את עיקר כוח העבודה היצרני של העיר, בעקבות גל הפיגועים הרצחני של האינתיפאדה השנייה ותהליך התחרדות העיר. האוניברסיטה העברית המשיכה להוות מוקד משיכה לצעירים, אך מעט מאוד מאלה מבוגריה בחרו להישאר בעיר לאחר קבלת התואר.
העמותה החלה לפעול באוניברסיטה העברית ואף עמדה בראש אגודת הסטודנטים של האוניברסיטה. במרוצת השנים החלה העמותה להשקיע גם בציבור המבוגרים-צעירים (young adults) בעיר, חילונים ודתיים לאומיים בגילאי 24-35.