ברור שהבניין הכי חשוב שמוטל עלינו לבנות על הר הבית הוא בית המקדש השלישי. אנו מתפללים שזה יתאפשר בקרוב בימינו. מה שכן, בניית בית המקדש יתאפשר רק אחרי חידוש הסנהדרין ופתירת הרבה סוגיות מסביב הקמת המקדש. הקמת בתי כנסת על הר הבית אינה דורשת התערבות הסנהדרין או פתירת הסוגיות קשורות לבית המקדש. יש גם להדגיש שקיום בתי כנסת על הר הבית אינו תקדימי. היו בתי כנסת על הר הבית גם בזמן המקדש וגם אחרי החורבן. אחד ממייסדי העמותה הוא הרב שמואל אליהו שליט"א, הרב הראשי של צפת וגם חבר ברבנות הראשית של מדינת ישראל.