"אגודת ידידי הגנים הבוטניים" נוסדה בשנת 1978 וכוללת מאות ידידים בארץ ובעולם, התורמים מזמנם ומכספם לפעילות השוטפת של הגן הממוקם באוניברסיטה העברית בירושלים ולידה. האגודה משמשת גורם מסייע ומדרבן בפיתוח הגן, וממריצה את חבריה לגלות עניין בצומח. כמו-כן עוסקים חברי האגודה בעבודה התנדבותית בעשייה בגן, במשתלה, בחממות ובמזכירות האגודה.